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主题:癌症数据玩家论文写作 时间:2024-03-14

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凯西·朱斯蒂(Kathy Giusti)在1996年被查出患有多发性骨髓瘤.作为一家大型制药公司的全球运营主管,这种绝症缺乏治疗药物的事实让朱斯蒂害怕极了.从那时开始,她着手创立了多发性骨髓瘤研究基金会(Multiple Myeloma Research Foundation).约翰·奎肯布什(John Quackenbush)是丹娜·法伯癌症研究所(Dana-Farber Cancer lnstitute)计算生物学中心主任,同时是提供基因研究工具的GenoSpace公司的CEO.本刊资深编辑琳达·蒂斯勒(Linda Tischler)就他们两位在癌症研究方面的最新合作事宜进行了采访.

FC:凯西,病情好些了吗?

朱斯蒂:很庆幸,我现在处于病情缓解期.你知道,“缓解期”对于癌症患者来说意义非常,尤其是对像我一样患了多发性骨髓瘤的人.不过,也不能轻视复发的可能性.

FC:基金会的工作对你抗击病魔是否有所帮助?

朱斯蒂:15年来,我们筹募到225亿美元资金,完成了骨髓瘤基因组的测序,还对23种药物进行过45项试验——其中有6种已经通过美国食品药品管理局(FDA)的批准——我们的研究成果使多发性骨髓瘤患者的生存时限延长了一倍.我现在服用的万珂(Velcade)和雷利米得(Revlimid),便是我们协助开发的药物.更庆幸的是,我的同卯双胞胎妹妹为我捐献了匹配的干细胞,这样的结合治疗确实很有帮助.

奎肯布什:其实还得益于你曾是制药行业人士,知道什么有用、什么没有.很多时候,关键就在于能够找到问题所在,然后有针对性地去解决.

朱斯蒂:不过,首当其冲的难题仍是,研究数据不会向研究中心和公司之外的人公开.

奎肯布什:研究行业里有条“潜规则”,就是大家不愿意分享研究数据,不愿意数据让能有效利用它的人得到.大家并不是共同寻求解决方案的伙伴.朱斯蒂:患者们要是知道内幕,可能会极度担忧.这个行业里的激励机制可以说是彻底崩坏了.

FC:激励机制指的是什么?

奎肯布什:在学术研究领域,激励机制包括发表和宣传成果,以及拥有研发资金,所以,共享数据会削弱你的权益和名声.而从商业角度来说,就看是谁申请的专利、谁能先把药物推上市场和谁的专利权时限最长.大家心里都明白,自己研究的患者数量不够多——尤其是对于罕见的癌症——但就是害怕分享数据.结果就是,发表出来的一大堆垃圾文章在临床治疗上根本毫无作用.研究范围已经够小了,加上你无法接触到其他研究者的研究对象和数据,所以想要借鉴成果十分困难.

朱斯蒂:在开展CoMMpass研究项目时(该项目为期10年,由50家肿瘤医院采集和分析来自1000名多发性骨髓瘤患者的基因数据,同时基于每位病人独特的基因标记对他们实施靶向治疗)最大的困难是,如果想要参和的话,你得愿意放弃知识产权.因此,在寻求同意合作的医学研究中心时,我们碰到很多麻烦.不过,社区的研究中心倒是不用发表和出版成果,他们已经开始登记.

FC:和此同时,约翰也在建立研究组织,让研究人员可以安心地分析基因和临床上的原始数据.

奎肯布什:我们和凯西初次接触的时候,正好碰到两个难题.一是人类基因序列的数据太庞大了——一个人的基因包含了30亿个碱基对(DNA螺旋的组成模块),如此庞大的数据可不是Excel表格能够搞定的.二是基因有独特性,每个人的基因都不一样.这就体现了生物学研究的吊诡:我们需要匿名者的数据,可是,一旦我有了你的基因,你就不再是匿名的了.当然,如果我知道你是谁、接受着什么治疗方案、能追踪患者若干年,那么基因的价值就更大.所以,我们需要对数据加密,以便研究人员只提取他们需要的信息,以一种安全的方式,就像在银行里那样.

朱斯蒂:我们花了两年时间,积累了极好的原始数据,可是如果大家用不到,有什么意义?我们需要将数据集中到一个系统里,让研究人员、临床医师和生物信息专家都用得着.最后,当我们找到GenoSpace公司时,他们的人晾奇地说,“老天,你们所做的一切真是不可思议.”

朱斯蒂:约翰总是以病人为中心,也很乐意探讨我们面临的障碍.这太重要了,我们相信力量正转向患者—方.奎肯布什:我们现在还只是测试版,庞大的数据还在处理中.

朱斯蒂:这个夏末或是初秋,项目将正式启动.

FC:需要怎样的机制去鼓励肿瘤中心的参和?

朱斯蒂:纽约西奈山医院多发性骨髓瘤项目主任认为,我们的举措能帮助形成更有利、更公平的科研环境,让许多研究中心有希望达到丹娜法伯或是梅奥诊所(Mayo Clinic)那样的高水平.

奎肯布什:另外,我们还发现,癌症不只是特定组织的病变,它是分子水平的病变.如果能得到正确的突变,那么对付骨髓瘤的药物也将可能用来对付结肠癌,或是乳腺癌.

朱斯蒂:在骨髓瘤里我们发现了BRAF基因(正是它的突变引发癌症),让人惊讶的是在黑色素瘤里也发现了它.这立刻掀起了关于骨髓瘤基因组和黑色素瘤基因组的讨论.这是肿瘤研究的一大进步:问题已不再囿于癌症种类,关键还在于基因.

奎肯布什:两三年后,全国将会有成千上万的患者变成庞大数据库的一部分,成为推动创新研究的力量.我们当前要做的,就是扫屋迎客,激励更多的疾病研究者参和进来,不是么?朱斯蒂:没错.想想我们正在打造的网络,不断开展的交流,真是让人激动万分.

FC:有遭遇过挫折吗?

朱斯蒂:噢,太多了,简直是噩梦.我一直说,先行者最大的付出就是把道路铺平.

奎肯布什:回顾历史,每次科学革命背后都有一个驱动力,那就是数据.从哥白尼到量子力学,数据一直在推动着创新.

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